Evidentemente estas confundiendo el secretario del ayuntamiento con algun auxiliar que hace de secretario del alcalde. 
El secretario del ayuntamientos es funcionario Local con habilitación estatal. Es decir: lo nombra el Estado (con las últimas reformas las Comunidades Autónomas tienen algunas competencias en su nombramiento). Tiene que ser Licenciado en Derecho, Ciencias Políticas o Sociología. Ten en cuenta que entre sus funciones está la de asesor legal de los Ayuntamientos. Que más quisieran muchos Alcaldes que poder nombrarlos ellos, puesto que son los que paran los pies a los políticos para evitar ilegalidades (dentro de lo que pueden). 
Ahora bien, si lo que hablas es de un auxiliar que se encarga de llevar la agenda del Alcalde (lo que se entiende por un secretario de un político), efectivamente puede nombrarlo el Alcalde si esa plaza está autorizada por el Pleno para personal eventual. Pero en este caso igual que lo pone lo puede quitar (sin poderse contar el tiempo trabajado como merito para concursos), y en todo caso cesa cuando cese el cargo político que lo nombró.

Para ser secretario de Ayuntamiento, que oposición hay que aprobar y cuanto cobran aproximadamante? 
 
Gracias

y que diferencia hay entre ser secretario y secretario-interventor?? qué oposición es más dificil? cambia la remuneración??

Requisitos: los mismos, licenciatura. 
Existen secretarios- interventores en los aytos de - de 5.000 habitantes y secretario e interventor en los de + de 5.000.  
El temario de secretaria es más extenso que el de secretaria-intervención, pero puedes promocionar a la categoría de secretario una vez aprobadas las de secret.-interv. 
Los dos temarios son extensos. Tienes un primer examen con un tema a desarrollar, otro examen oral, un supuesto económico y otro jurídico tipo práctico y prueba de idiomas opcional, y estudiar y estudiar...