Hola Moliere,
El EBEP que salió en 2007 es como la Ley Básica (lo mínimo) que se ha de aplicar en cualquier Administración Pública.
En el caso concreto de la Comunidad de
Madrid, y a la espera de que se desarrolle una nueva Ley de Función Pública, se aplica la Ley 1/1986 en todo lo que mejore y no contradiga el nuevo EBEP.
Con el Acuerdo de Funcionarios, pasa lo mismo. Se aplica todo lo que mejora el EBEP, y se aplica el EBEP para lo que no ha sido desarrollado aún (por ejemplo el permiso de paternidad).
Creo que es así...
Un saludo,