Si el pago es en cuenta imprimirás papel y guardas el talón original con que es fácil de comprobar y rectificar. 
 
Si el pago es en efectivo, imprimirás detrás del talón y lo guardas, con que también es fácil de comprobar... pero más díficil de recuperar. Si es al portador date por jodido, la diferencia es descuadre de caja. Y si es nominativo pero no es cliente vuestro... también te puedes dar por jodido. 
 
Por lo menos en mi entidad funciona así y es fácil de comprobar, luego ya de recuperar el dinero es otro tema.

y como recuperar ese dinero, si el cliente lo niega?

Buenos días Irene, 
 
Por lo que entiendo en lo que has escrito el que cobra el talón es cliente tuyo. Si estas segura que ha sido eso diselo al interventor y yo retendría la diferencia de lo que le has dado y lo que dice el talón en una de sus cuentas. 
Cuando vea la retención en su cuenta te irá a preguntar, enseñale el talón y la validación mecanica y ya esta. 
No te preocupes si se pone chungo y kiere hacer una reclamación que no pasa nada pork tu tienes la razón. 
Si no fuera cliente y no pudieras contactar con el vas a tener que pasar una diferencia de caja. No pasa nada por pasarla ya que trabajas con dinero y eres humana. Además si no es mucha la diferencia no dicen na, solo tienes que tener cuidado para la proxima vez. 
Espero haberte ayudado, Un saludo