Atendiendo al artículo 139.1.a) de la LGT cuando se termina por caducidad, ello no impide que se pueda iniciar de nuevo este procedimiento dentro del plazo de prescripción.  

Hola estrambotic.  
 
Yo entiendo segun dice el artículo 139.1.b., que si el procedimiento de comprobación limitada termina por caducidad, debido a que ha transcurrido el plazo maximo de resolucón sin notificar resolución expresa, podrá iniciarse de nuevo este procedimiento dentro del plazo de prescripción. Y entiendo por plazo de prescripción el plazo de 4 años que tiene la Administración para determinar la deuda tributaria, o para exigir el pago de la deuda, que es de 4 años desde las fechas señaladas en el artículo 67 de la LGT.  
 
 
Respecto al art 140.1. yo creo que hay que quedarse con lo que dice el propio parrafo: "salvo que en un procedimiento de comprobación limitada o inspección posterior se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones

::: --> Editado el dia : 02/07/2008 19:56:25  
::: --> Motivo :  
 
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1º) El art. 104.3 de la LGT establece que "En los procedimientos iniciados a instancia de parte, el vencimiento del plazo máximo sin haberse notificado resolución expresa producirá LOS EFECTOS QUE ESTABLEZCA SU NORMATIVA REGULADORA.  
A estos efectos, en todo procedimiento de aplicación de los tributos se deberá regular expresamente el régimen de actos presuntos que le corresponda.  
En defecto de dicha regulación, los interesados podrán entender ESTIMADAS sus solicitudes por silencio administrativo, salvo las formuladas en los procedimientos de ejercicio del derecho de petición a que se refiere el artículo 29 de la Constitución y en los de impugnación de actos y disposiciones, en los que el silencio tendrá efecto desestimatorio".  
Por otra parte, el art. 31.2 de la LGT establece que "Transcurrido el plazo fijado en las normas reguladoras de cada tributo y, en todo caso, EL PLAZO DE SEIS MESES, sin que se hubiera ordenado el pago de la devolución por causa imputable a la Administración tributaria, ésta ABONARÁ EL INTERÉS DE DEMORA regulado en el artículo 26 de esta ley, sin necesidad de que el obligado lo solicite. A estos efectos, el interés de demora se devengará desde la finalización de dicho plazo hasta la fecha en que se ordene el pago de la devolución".  
También deberás tener en cuenta lo dispuesto en el art. 165 del R.D. 1065/2007 (el nuevo reglamento).  
 
Una vez expuesto lo anterior, y respondiendo a tu pregunta, una vez transcurrido el plazo de 6 meses sin dictar resolución expresa, la Administración deberá devolver el importe solicitado junto con el interés de demora correspondiente.Ello no impide a la Administración volver a iniciar otro procedimiento de comprobación limitada dentro del plazo de prescripción del tributo.  
 
2º)  
a) El art. 139.1 b) de la LGT establece que el procedimiento de comprobación limitada terminará, entre otras formas, por caducidad, una vez transcurrido el plazo regulado en el artículo 104 de esta ley sin que se haya notificado resolución expresa, SIN QUE ELLO IMPIDA QUE LA ADMINISTRACIÓN PUEDA INICIAR DE NUEVO ESTE PROCEDIMIENTO DENTRO DEL PLAZO DE PRESCRIPCIÓN.  
Por tanto, y siempre que el periodo objeto de comprobación no se encuentre prescrito, SÍ se puede iniciar otro procedimiento de la misma índole. Asimismo, deberás tener en cuenta lo dispuesto en el art. 104.5 párrafo tercero respecto al procedimiento que se inicie con posterioridad.  
 
b) Respecto a tu duda del art. 104.1 de la LGT, el art. 139.2 del mismo precepto legal dispone que "La resolución administrativa que ponga fin al procedimiento de comprobación limitada deberá incluir, al menos, el siguiente contenido:  
a) Obligación tributaria o elementos de la misma y ámbito temporal objeto de la comprobación.  
b) ESPECIFICACIÓN DE LAS ACTUACIONES CONCRETAS REALIZADAS. (IMPORTANTE EN RELACIÓN CON EL ART. SIGUIENTE.)  
c) Relación de hechos y fundamentos de derecho que motiven la resolución.  
d) Liquidación provisional o, en su caso, manifestación expresa de que no procede regularizar la situación tributaria como consecuencia de la comprobación realizada."  
 
Fíjate bien que, de acuerdo con lo dispuesto en el apartado b), la resolución deberá expresar qué actuaciones se han realizado durante la tramitación del procedimiento y que dan lugar, por ejemplo, a una liquidación con resultado a ingresar.  
Debes tener en cuenta que el art. 136.2c) de la LGT establece que en un procedimiento de comprobación limitada no puede examinarse la CONTABILIDAD MERCANTIL (que no es lo mismo que los libros y registros de carácter tributario: por ejemplo el libro-registro de facturas expedidas, etc.).  
Supongamos que, por ejemplo, posteriormente se inicia un procedimiento de inspección respecto del mismo tributo y periodo objeto de la comprobación limitada, la Administración NO PODRÁ efectuar una nueva regularización, SALVO que al examinar la contabilidad mercantil (los órganos de inspección sí pueden examinarla y es una actuación distinta de las especificadas en la resolución del procedimiento de comprobación limitada) se compruebe que se debe regularizar nuevamente la situación del obligado tributario.  
 
No sé si te habré aclarado tus dudas, pero si no fuese así pregunta que intentaré responderte dentro de mis posibilidades.  
 
Saludos a todos.

Muchas gracias juancho6 me lo has aclarado perfectamente. A los demás que me habeis contestado también os lo agradezco mucho.  
Por tanto entiendo que una vez caducado el procedimiento de comprobación limitada habrá que proceder a efectuar la devolución solicitada, y en su caso el interés de demora, sin que esto impida que se pueda volver a abrir de nuevo el procedimiento mientras no prescriba.  
En cuanto al artículo 140.1, que es el que más dudas me planteaba, creo que también ya lo he aclarado: se podrá de nuevo regularizar la situación tributaria del obligado, siempre y cuando se hayan efectuado actuaciones y comprobaciones distintas a las que figuren expresamente en la resolución de la anterior comprobación limitada, que es lo que dice el artículo.

Hola juancho6. Hay algo que no me queda muy claro de tu respuesta, en relación a este punto:  
 
1ª.- Imaginemos un contribuyente que presenta una autoliquidación del irpf que sale a devolver. La Administración inicia una comprobación limitada la cual termina por caducidad una vez transcurridos los 6 meses de rigor. ¿Qué creéis que pasaría con la devolución? Yo no lo tengo nada claro.  
 
SE HA INICIADO UN PROCEDIMIENTO DE DEVOLUCIÓN (A INSTANCIA DE PARTE) QUE HA FINALIZADO CON EL INICIO DE OFICIO DE UN PROCEDIMIENTO DE COMPROBACIÓN LIMITADA. A mi entender, la caducidad se produce en el procedimiento de comprobación limitada, y según los efectos del art. 104 no estaríamos en el punto 3 sino en el punto 4, que dice que en los procedimientos iniciados de oficio, el vencimiento del plazo máximo establecido sin que se haya notificado resolución, producirá los efectos ....  
En este caso, el efecto sería distinto; pero de todas formas, no estoy muy segura de mi argumentación y me gustaría que alguien me lo aclarara.  
Muchas gracias. Saludos.

Bueno he estado revisando la LGT y el RD 1065/2007 y no he encontrado ningún artículo ni ninguna conjunción de ellos que puedan responder a la pregunta que hice sobre la devolución en el supuesto de la caducidad del procedimiento de comprobación limitada. La respuesta de CAROL_MAD es muy esclarecedora.  
Efectivamente no puede ser de aplicación lo dispuesto en el art.104.3 ya que el procedimiento inicial que es el iniciado mediante autoliquidación en la que se solicita devolución ya ha terminado por una de las causas previstas en el art. 127, esto es, por el inicio de una comprobación limitada. por tanto este primer procedimiento ya está cerrado. Iniciada la comprobación limitada, ésta concluye por caducidad de acuerdo con el art.139. La Administración a la vista de estos dos procedimientos que se han ajustado perfectamente a la ley NO HA RECONOCIDO NINGÚN DERECHO A DEVOLUCIÓN, y caducada la comprobación limitada NO TIENE POR QUE EFECTUAR DEVOLUCIÓN ALGUNA.  
 
Esto es lo que yo entiendo gracias las respuestas que me habeis dado y que me han ayudado a aclarar las cosas.  
 
En realidad la pregunta es un tanto absurda porque si la Administración termina un procedimiento iniciado mediante autoliquidación en la que se solicita cantidad a devolver, con el inicio de una comprobación limitada es porque quiere comprobar y en su caso regularizar una situación tributaria, y no pretende en ningún caso que dicha comprobación caduque. Yo la pregunta la hice porque imagino que en la práctica diaria de muchas Administraciones seguro que les caducan muchas de estas comprobaciones limitadas bien por carga de trabajo o por lo que sea, que ría saber vuestra opinión para poder dar respuesta a este supuesto.  
 
Producido el caso del cual hablamos creo que hay dos opciones. La primera es que la Administración vuelva a abrir un procedimiento de comprobación o inspección y finalmente dictar la liquidación que proceda  
La segunda, en defecto de lo anterior el OT tendría que reclamar su devolución en vía de recursos o reclamaciones.  
 
Bueno pues salvo mejor opinión esto es lo que he deducido del tema. Muchas gracias a todos por ayudarme a aclarar mis dudas.

El procedimiento de comprobación limitada se inicia, de oficio, como consecuencia de la presentación de una solicitud de devolución a instancia de parte. Puesto que ha transcurrido el plazo máximo sin que se haya notificado resolución expresa, el art. 104.4 b) de la LGT establece que "En los procedimientos susceptibles de producir efectos desfavorables o de gravamen se producirá la CADUCIDAD del procedimiento."  
Debéis tener en cuenta que el art. 104.5 del la LGT establece que "Producida la caducidad, ésta será declarada, de oficio o a instancia del interesado, ORDENÁNDOSE EL ARCHIVO DE LAS ACTUACIONES."  
Esto significa que es como si el procedimiento de comprobación limitada NO SE HUBIESE INICIADO y lo que queda pendiente de resolver es un procedimiento de devolución iniciado a instancia de parte.Por tanto, al haber transcurrido el plazo máximo para resolver sin que se haya notificado resolución expresa, producirá los efectos establecidos en el art. 104.3 de la LGT.  
 
No sé si os lo he aclarado, pero, a mi modo de entenderlo, yo creo que esta es la respuesta.Sería bueno leer otras opiniones, así que si alguien se presta a ello bienvenidas sean.  
 
Saludos a todos.

Vale juancho6, ya lo he entendido. La caducidad del procedimiento de comprobación determina el archivo de las actuaciones y esto se interpreta como si la comprobación no se hubiese producido. Entonces anulada la comprobación limitada, hay que resolver el procedimiento de devolución, el cual pasado el plazo de 6 meses se entiende caducado y con los efectos del art. 104.3 LGT, esto es el silencio admtvo. es positivo y la devolución se aprueba. Además, la Admón. abonará al OT, los Intereses de Demora del art. 31 LGT.  
 
Muchas gracias por tu explicación. Y si alguien tiene algo que aportar, bienvenido al club!!

::: --> Editado el dia : 04/07/2008 23:44:52  
::: --> Motivo :  
 
Si lo he entendido bien, parece que la duda es qué pasa una vez caducado el procedimiento de comprobación limitada.  
 
Pues que subsiste la obligación de la Administración de efectuar la devolución. Lo que ocurre es que el incumplimiento de esta  
obligación no tiene otra consecuencia que la de abonar intereses de demora hasta la fecha en que se ordene su pago.  
 
Producida la caducidad, lo normal es que la Administración proceda a:  
 
1. Acordar la finalización del procedimiento de comprobación limitada y ordenar el pago de la devolución solicitada.  
Externamente, el contribuyente lo único que recibe es una comunicación del pago de la devolución con el detalle del cálculo  
de los intereses de demora ó  
 
2. Iniciar un nuevo procedimiento de comprobación limitada o de inspección, en cuyo caso no se ordena el pago de la devolución pues  
será en ese nuevo procedimiento en el que se determine el derecho del contribuyente a la devolución solicitada.  
 
Producida la caducidad, se dictará una acuerdo en el que se reconocerá la misma y que, por lo tanto, el procedimiento de comprobación  
limitada ha finalizado (y esto, si se dicta, pues en la práctica no se dicta acuerdo alguno y siemplemente se ordena la devolución).  
Este acuerdo no es la resolución a la que se refiere el artículo 139.1.a). Cuando el procedimiento finaliza mediante resolución expresa  
es la propia resolución la que pone término al procedimiento, mientras que si el procedimiento finaliza por caducidad, es ésta la  
que finaliza el procedimiento y no el acuerdo administrativo que la reconoce.  
 
La principal diferencia entre una y otra, es que los efectos del artículo 140.1 LGT se refieren única y exclusivamente a aquellos  
casos en que el procedimiento de comprobacion haya finalizado mediante resolución expresa y nunca, repito, nunca cuando el procedimiento  
ha finalizado por caducidad.  
 
Hola Carol. Producida la caducidad, ni se reabre el procedimiento de devolución ni se inicia un nuevo procedimiento de devolución.  
Simplemente se ordena la devolución o no, según lo que ya he expuesto.  
 
No sé si os he sido de ayuda u os he liado mas.  
 
Muchos ánimos para todos y especialmente para Carol.

Cierto, se ordena la devolución y abonando intereses de demora a partir del 1 de enero del año siguiente sin necesidad de que el obligado tributario lo reclame.