Pufff.....así, tal y como lo cuentas,...no sé...!!  
La primera medida a tomar sería cambiar las contraseñas desde un ordenador distinto al que utilizas (el de un vecino, un familiar, un amigo, un ciber...).  
Los programas espia, por regla general, no se dedican a recaban contraseñas sino más bien información sobre tus hábitos, páginas que visitas y demás para después venderlo...pero esto es otra historia.  
Lo más probable es que te hayan colado un troyano..¿cómo?..pues existen 1001 formas de hacerlo. No me voy a poner ahora a darte lecciones de seguridad informática porque estaríamos un buen rato, pero no vendría mal eso de tener un antivirus actualizado, no descargar contenido en cierto tipo de páginas, evitar abrir correos inesperados y, especialmente, con archivos adjuntos, etc...  
En http://www.av-comparatives.org/ tienes varios antivirus on-line que pueden ayudarte a localizar un posible troyano, que seguramente sea el responsable de tus males.  
Si tienes instalado un antivirus, prueba a actualizarlo y ejecutar un análisis completo.  
Otra opción es que eches un vistazo a la configuración de tu router y revises qué puertos tienes abiertos (en http://www.adslayuda.com/ puedes localizar el manual de tu router).  
Si necesitas más ayuda no dudes en pedirla e intentaré ayudarte en lo que pueda.  
Un saludo.